Im Dezember 1897 entwarfen einige Gemeindeglieder von St. Johannis ein Anschreiben in Form einer Bitte, der Gemeindekirchenrat möge beim Parochialvorstand baldigst die Teilung der Johannisgemeinde und den Bau einer Kirche für die neu entstehende Gemeinde beantragen. Eile war geboten, in Anbetracht der schnell fortschreitenden Bebauung des nördlich der Stadt liegenden Terrains, um unverzüglich eine Entscheidung zum Bauplatz für eine neue Kirche in dieser Gegend anregen zu können.
Die Gründe für den Neubau einer Kirche waren, dass um die Jahrhundertwende ein neuer Stadtteil im Norden Dessaus entstand und die Dessauer St. Johannisgemeinde extrem stark angewachsen war.
Man begann am 10. Juni 1901 mit den Ausschachtungsarbeiten für den neuen Bau. Dabei stieß man schon bald auf ungefähr ein Dutzend menschlicher Skelette und u. a. auf einen stark verwitterten anhaltischen Dreier, der es wahrscheinlich machte, dass die Skelette vermutlich aus der Zeit der Befreiungskriege 1813/14 stammten. Sie fanden in der Mitte des Kirchenbaus ihre neue Ruhestätte.
Vom 18. bis zum 27. Juni 1901 wurde die Betonplatte des Turmfundamentes gelegt und noch am 27. Juni zu mauern begonnen.
Am 18. September 1901, vormittags 11 Uhr, schritt man dann, „unter strömenden Regen“, wie der Chronist Prof. K. Stroese betonte, zur feierlichen Grundsteinlegung.
Bis zum 16. Dezember konnten die Arbeiten fortgesetzt werden. Durch den einbrechenden Winter ruhten die Bautätigkeiten jedoch bis zum 3. März 1902. Aber am 8. April wurde schon das Kreuz auf den Westgiebel aufgesetzt. Kurze Zeit später war auch der bis zum Kreuz 52,5 m messende Turm, einschließlich Dachdeckung, fertiggestellt.
Die Bauarbeiten gingen zügig voran und am 7. Juni 1903 konnte Petrus als fünfte evangelische Kirche von Dessau ihrer Gemeinde übergeben werden.
Die Wahl des ersten Gemeindekirchenrates fand bereits am 10. Mai 1903 statt.
Der Kirchenchor wurde ebenfalls schon kurz vor der Kirchweihe 1903 gegründet. Nach fast 99 Jahren wurden nun ab Januar 2002 die Kirchenchöre von Petrus und St. Johannis zusammengelegt.
Der erste Kindergottesdienst in Petrus war am 18. Oktober 1903.
Seit 1906 existierte eine Gemeindeschwesternstation im Gemeindebereich.
Als „Gesinnungspflege und Wohlfahrtsdienst“ schon ab Januar 1910 tätig, wurde die „Frauenhilfe“ 1918 gegründet. Sie gehörte bis Januar 1978 zum Gemeindeleben.
Der Missionsverein, hervorgegangen aus dem Missionsnähverein, wurde zur festen Einrichtung der ersten Jahre. Er war bis 1975 aktiv.
Ein Männerkreis bestand von Anfang der Dreißiger bis 1982.
Einen Bibelkreis, oder auch zeitweise Bibelstunde genannt, gibt es ebenfalls schon seit den Anfangsjahren der Petrusgemeinde.
Einen Jungfrauenverein, später in Jungmädchenverein umbenannt, gründete sich auch schon 1906. Eine Mädchenjungschar gesellte sich ab 1927 hinzu.
Der Evangelische Jugendverein „Petrus“ wurde 1908 als Konfirmandenverein ins Leben gerufen. Ihm war ab 1924 ebenfalls eine jüngere Abteilung, die „Jungschar“, angegliedert. Zum Stiftungsfest des Evangelischen Jugendvereins fand 1925 die festliche Weihe eines Wimpels mit dem dazugehörigem Banner statt (der Verein besaß übrigens ein Wanderheim in Retzau).
Die vereinsmäßige Form der Evangelischen Jugendarbeit endete 1933 infolge der Organisation der Hitlerjugend. Daraus resultierend gab es etwa 10 Jahre lang die sogenannte konfirmierte weibliche und männliche Jugend.
Nach dem Krieg entstand als Junge Gemeinde ein Mädchen- und ein Jungenkreis. Ab April 1960 wurde daraus der Jungmädchen- bzw. Mädchenkreis und der Jungmännerkreis. Parallel dazu existierte eine Monatsrüste der Jungen Gemeinde von Dezember 1955 bis Sommer 1970. Man traf sich abwechselnd einmal im Monat in den Innenstadtgemeinden St. Georg, St. Johannis und Petrus.
Seit März 1970 sind beide, Mädchen- und Jungmännerkreis zusammengelegt und die Junge Gemeinde in der heutigen Form war „geboren“. Durch die Junge Gemeinde wurden in den 70er und 80er Jahren einige Jugendgottesdienste mit der ökumenischen Band „Pro Omnibus“ gestaltet, die im Petrussaal der Petruskirche ihren Proberaum hatte. Des weiteren organisierte die Junge Gemeinde zu dieser Zeit auch andere kirchliche Jugendveranstaltungen, wie „Fantasie für Gott“ und „Werkstattabende“. Auch die Teilnahme an den jährlich stattfindenden Jugendkreuzwegen, Petersbergtreffen und ab 1981 an der Aktion „Mobil ohne Auto“ sei erinnert.
Seit 1932 bestanden auch Mütter- und Jungmütterkreise. Der Jungmütterkreis wurde 1967 zum Mütterkreis und existierte bis 1978. Der einstige Mütterkreis bestand noch von 1957 – 1977 als Altmütterkreis.
Es hörten aber nicht nur Gemeindekreise auf zu existieren – nein, Ende der Siebziger entstanden auch neue, die heute entscheidend unsere lebendige Gemeinde prägen.
Aus gemeinsamen Gesprächsabenden (1969) heraus entsteht Anfang 1970 der Ehepaarkreis – ab Februar 1975 als Gesprächskreis und November 1978 als Gesprächskreis der mittleren Generation entwickelten sich daraus laut Petrusboten im Oktober 1991 die heute bekannten Hauskreise.
Zum ersten Teenachmittag traf man sich am 11. Mai 1977 im Pfarrhaus und am 22. September 1978 gründete sich der Gesprächskreis für Junge Erwachsene.
Weiterhin existieren: